Эльгяйский музей основан в 1967 году при средней школе. Основателем является учитель биологии Андреев Борис Николаевич (1915–1985гг.), отличник просвещения СССР, заслуженный учитель школ РСФСР, заслуженный работник культуры ЯАССР, кавалер ордена Октябрьской революции. Начало музея заложила его личная коллекция, состоящая из 400 тушек птиц, собранных в бассейне р. Вилюй. 

     2 октября 1971 г. состоялось официальное открытие музея в отдельном здании площадью 400 кв.м. Основная экспозиция состояла из 2000 экспонатов. В том же году получил звание «Отличный школьный музей». Музей был создан как учебно-наглядная база для изучения основ наук естественного цикла: природоведения, ботаники, зоологии, общей биологии, географии.

     В музее учащиеся занимались в юннатских кружках орнитологов, зоологов, таксидермистов и экскурсоводов. Был создан живой уголок, где содержалось до 587 видов различных животных и птиц, а в пришкольном участке выращивалось свыше ста разных видов растений. За животными и растениями ухаживали и вели наблюдения юннаты. Кроме занятий в кружках и работ в музее, юннаты под руководством Бориса Николаевича совершили свыше 30 экспедиций и походов в разные уголки Советского Союза. Итогом этих поездок стали приобретение ценных материалов, которые дали возможность укомплектовать отделы музея по природным зонам. На основе богатого материала музея, живого уголка и пришкольного участка в 1980г. по инициативе Бориса Николаевича в школе был создан первый в республике класс с углубленным изучением биологических наук, где учились школьники из многих районов Якутии.

     К 1984 году в музее насчитывалось около 3 тысяч экспонатов. Из-за тесноты стал вопрос о строительстве нового здания. И в январе 1986 года музей переезжает в новое двухэтажное здание с общей площадью 1468 кв.м. Новая экспозиция была поставлена и оформлена по плану и замыслу своего создателя, но уже без его участия, в июне 1985 года Борис Николаевич ушел из жизни. В июле 1987 г. музей был уже официально открыт для посетителей и более 22 лет Эльгяйский музей природы послужил в качестве школьного музея. Учитывая уникальность музея, 5 июня 1990 года вышло распоряжение Совета Министров ЯАССР за №379 об организации на базе музея Природы станции юных натуралистов со штатным расписанием 14 единиц. Но в жестких рамках инструкций Министерства Образования не были предусмотрены музейные штаты, задачи стоящие перед станицей юных натуралистов не отвечала требованиям, предъявляемым к музейной работе. 12 декабря 1994г. приказом Министерства образования РС(Я) СЮТ был реорганизован в региональный музейно-экологический центр имени Б.Н. Андреева.

     Основными направлениями деятельности Эльгяйского регионального музейно-экологического центра имени Б.Н.Андреева являются сохранение и приумножение музейного фонда, образование и воспитание экологической культуры у подрастающего поколения. В 1998 г. в качестве краеведческого отдела был присоединен историко-краеведческий музей «Туойдаах Алаас». В 2006 году наш музей стал членом Ассоциации естественноисторических музеев России Международного Совета ИКОМ.

     Эльгяйский музей природы с самого начала создавался как учебно-наглядная база для изучения предметов естественного цикла. Поэтому экспозиции были созданы по ландшафтно-зональному принципу, т.е. по географическим зонам Земли.

     Общая площадь территории музея 0,14 га, экспозиционно-выставочная площадь 1155 кв.м., площадь под хранение фондов 12 м².      

     В настоящее время в музее насчитывается более 4 тыс. экспонатов основного и научно-вспомогательного фондов, часть которых размещена по 20 залам. Наиболее полно представлена флора и фауна Якутии. Самая крупная коллекция – это коллекция птиц. Среди наиболее ценных  и редких можно назвать такие, как чучела белого медведя, жирафа, куланов, исполинского кенгуру, броненосца, крокодилов и др.