Разговоры о необходимости создания в Ленском районе историко-краеведческого музея стали возникать еще с конца 60-х годов ХХ столетия. В городе на тот момент работали 2 школьных музея. В августе 1976 года вышла статья Николая Перетолчина в районной газете «Ленский коммунист» под названием «Краеведческий музей Ленску – необходим!». Вскоре после этой публикации и возник оргкомитет по созданию музея под председательством фронтовика, председателя совета ветеранов революционной боевой и трудовой славы Петра Юдакова. В его состав вошли известные в городе общественные деятели Анатолий Жмыров, Александр Чуварков, Геннадий Лапсин, Клара Усман, Эдуард Кириллов, Ольга Гаврилова, Михаил Артамонов, Юрий Гронин,  и другие.

Многие жители города Ленска стали добровольными помощниками создания музея. Формирование фонда музея началось с экспонатов, переданных школой №2 и документов, принадлежащих А.А. Чуваркову - сотруднику газеты «Ленский коммунист». С его архивных справок, запросов в музеи и архивы, фотоснимков, сделанных А.Д. Сиражитдиновым, коллекции минералов началась исследовательская и научная работа в музее. Передали часть материалов в музей партийная библиотека райкома КПСС, отдел народного образования. Рукописями поделились В.В. Кудрин, Н.И. Пестерев, Г.М. Лапсин и другие. Помощь музею оказала Среднеленская нефтегазоразведочная экспедиция. Торжественное открытие состоялось 27 августа 1977 года и разместилось оно на первом этаже двухэтажного деревянного дома.

Первоначально в музее было открыто 2 отдела: исторический и отдел природы. Первым работником и хранителем фонда была принята Стадник Любовь Алексеевна, позднее младшим научным сотрудником стала работать Марченко Алла Васильевна.

После 11 лет работы, музей был закрыт на ремонт и реконструкцию, которые затянулись на долгие 9 лет.  Все эти годы работа музея не прекращалась. Пополнялись фонды музея, велась переписка с другими музеями, сотрудники работали с архивными материалами. Музей вновь открылся в апреле 1997 года со статусом городского музея отдела культуры. Директором музея была назначена отличник культуры РС (Я), ветеран труда РФ Брежнева Тамара Сергеевна, которая руководила музеем 15 лет.

 К 50- летию Победы, по инициативе первого секретаря Ленского райкома партии В.М.Ягнышева, при Совете ветеранов был открыт музей «Боевой и трудовой Славы», который впоследствии стал филиалом Ленского историко-краеведческого музея. Долгое время заведующей отдела была Никифорова Екатерина Петровна, пока отдел не соединился с головным музеем в 2011 году в новом здании.  

В наводнение 2001 года музей почти полностью ушел под воду, но работники не пали духом, сутками сушили, приводили в порядок экспонаты, документы и уже в декабре месяце музей был вновь открыт для посетителей.

В 2011 году по решению главы МО «Ленский район» Высоких Сергея Иннокентьевича и начальника МКУ «Ленское районное управление культуры» Кударь Светланы Пантелеевны музей был переведён в новое просторное здание площадью 620, 49 кв.м. Торжественное открытие состоялось в 2013 году.

В музее располагается 10 залов: Зал образования земли, Зал якутской и эвенкийской культуры и быта, Зал флоры и фауны Ленского района, Зал русской культуры и быта, два Зала Боевой и трудовой славы, Зал современного развития Ленского района. Имеется выставочный зал, конференц-зал (мультимедиа) и зал мероприятий и кружковой работы.

В 2010 году Ленский историко-краеведческий музей победил в смотре-конкурсе деятельности музеев, посвященном 65 –летию Победы, проводимом Министерством культуры и духовного развития Республики Саха (Якутия) и был награжден дипломом победителя в номинации «За лучшее мероприятие, направленное на патриотическое и духовно-нравственное воспитание молодежи».  Также был выигран грант Президента Республики Саха (Якутия) на 2011 год на реализацию проекта «Создание при Ленском историко-краеведческом музее мастерской прикладного творчества «Параскева», ориентированной на возрождение традиционного женского рукоделия».

Мастерская народно-прикладного творчества «Параскева», руководителем которой является мастер народных промыслов Елена Платонова. Участники мастерской во главе с ее руководителем принимают участие в различных региональных, российских и международных конкурсах и проектах, где занимают призовые места.

Выставочная деятельность является неотъемлемой частью работы музея. В выставочном зале оформляются выставки художников района: Владимира Ильича Стадника, Василия Николаевича Кудрина, Владислава Дмитриевича Лемякина и др. Также в музее постоянно проходят выставки народно-прикладного творчества: картины, вышитые крестом, лентами, гладью, изделия из дерева, кости, бисероплетение и многое, многое другое. Количество творческих людей в городе Ленске и районе от года к году возрастает.

С 2010 года музей присоединился к Всероссийской акции «Ночь в музее», которая с каждым годом становится популярнее и многочисленнее.

 С 2014 года сотрудники музея выезжают в экспедиции по району, которые называются «Музейный десант». В рамках данных экспедиций музей пополнился материалами и экспонатами по ветеранам ВОВ района, политическим ссыльным, истории села и быта коренного населения. На протяжении трёх лет сотрудники музея принимали участие в Районной краеведческой экспедиции «Возрождение», организованной в рамках программы «Истоки».

Сегодня в фонде музея насчитывается 2172 единиц хранения основного фонда и более 3 с половиной тысяч единиц – научно-вспомогательного фонда.

Музей имеет много грамот и благодарственных писем от организаций с которыми музей сотрудничает по работе.

По результатам 8-мой республиканской акции «Природа и мы» в 2014 году музей получил диплом I степени как «Лучший музей в эколого-просветительской деятельности» от Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия) по результатам республиканского смотра-конкурса работы музеев по экологическому просвещению населения. Также, музей принимал участие в конкурсе творческих проектов по целевой программе республики Саха (Якутия) «Создание условий для духовно-культурного развития народов Якутии», и стал его победителем. А, в преддверии празднования Международного дня музеев 2015 года, Ленский историко-краеведческий музей выиграл премию главы республики Саха Якутия имени профессора М.Ф.Габышева в области музейного дела и был награжден дипломом за вклад в развитие музейного дела Республики Саха (Якутия) в номинации «Музей года».

Музей не стоит на месте. Разрабатываются новые образовательные программы, театрализованные мероприятия, экскурсии, организовываются выставки.